פלג שפרש בתחילת שנת 2006 מ"ועדות ההתנגדות העממית", והתבסס כארגון טרור עצמאי ברצועת עזה. בראשו עומד ממתז דע'מש – פעיל טרור מעזה – אשר בעקבות סכסוך שלו עם ראשי "ההתנגדות", במסגרתן פעל עד אז, פרש ביחד עם אנשיו והקים את "צבא האסלאם". רוב פעילי הארגון נמנים עם בני חמולת דע'מש בעזה.
עם פרישתו אימץ הפלג את האידיאולוגיה של "הג'האד העולמי", אותה חרט על דגלו. הארגון התבלט כאחד ממחוללי אנרכיה ברצועה, אך פעיליו היו מעורבים גם בפיגועי טרור מובהקים, ביניהם: פיגוע כרם שלום, במהלכו נחטף החייל גלעד שליט לרצועה (יוני 2006). פעילי "צבא האסלאם" גם עמדו מאחורי חטיפותיהם של 2 כתבי רשת "פוקס" ברצועה (אוגוסט 2006) וכן של העיתונאי הבריטי אלן ג'ונסטון (יולי 2007).