כתב האישום הוגש בתום חקירה, שנוהלה על ידי שירות הביטחון הכללי ומשטרת ישראל, המפלג לפשיעה לאומנית במחוז ש"י, במסגרתה נאסף מודיעין אשר הביא למעצרם של שלושה חשודים, תושבי חוות גלעד שבשומרון והם:
יהודה לנדסברג, שנעצר ב-19 בינואר 2014, על ידי משטרת ישראל, המפלג לפשיעה לאומנית של מחוז ש"י, הודה בחקירתו בשירות הביטחון הכללי, בביצוע פיגוע ההצתה, ואף הפליל את שותפיו לעבירה, בנימין ריכטר ויהודה סביר, אשר נעצרו לחקירה ב-25 בינואר 2014.
יהודה סביר הודה בחקירתו בביצוע פיגוע ההצתה ואף הפליל את שותפיו האחרים, לנדסברג וריכטר, ואילו בנימין ריכטר דבק בזכות השתיקה, וסירב להתייחס לחשדות שיוחסו לו.
במסגרת החקירה עלה מידע נוסף באשר לפעילות בלתי חוקית ואלימה אשר בוצעה על ידי השלושה בתוככי הכפר הפלסטיני מאדמא (שומרון), באופן שאילו היה מתגלה בזמן אמת, היה עלול להביא להתלקחות אלימה.
בהקשר הרחב יותר יצוין, כי בגזרה שבה ביצעו הנאשמים את פיגוע ההצתה - אזור גב ההר - נרשמו בשנים האחרונות עשרות פיגועי הצתה על רקע לאומני של רכוש ושל קודשי דת, חלקם הגדול מיוחס במישרין לפעילים מקרב קבוצות הפועלות באזור, ואשר עושות שימוש בביטוי "תג מחיר" לציון פעילותן.
שירות הביטחון הכללי רואה בחומרה פעילות כגון זו, העלולה להביא לפגיעה חמורה ברכוש ובנפש, ויש בה כדי לערער את ביטחון הציבור והאזור. זאת בנוסף להיותה פעילות המסיטה את הקשב של גורמי הביטחון, הפועלים באזור, ומחייבת אותם להקצות משאבים מרובים לשם התמודדות עם התופעה.
בנוסף, ממחישה פרשה זו את פוטנציאל האיום, הקיים בשנים האחרונות, ביהודה, שומרון ובאזורים נוספים במדינה, הגלום בפעילותה של קבוצה מצומצמת של פעילי ימין קיצוניים, הנוקטים בשיטות אלימות ואסורות על מנת להגשים את מאווייהם האידיאולוגיים, גם במחיר של הטלת מורא על החלטות הממשלה וזריעת טרור בקרב האוכלוסייה הפלסטינית. כל זאת תוך גרימת נזק תדמיתי חמור למדינת ישראל במישור הבינלאומי.