בחקירת העצורים בשירות הביטחון הכללי עלה, כי המפקדה פעלה במטרה לחדש את פעילותו של ארגון החמאס, ולמעשה, להקימו מחדש באזור רמאללה.
המפקדה שמה לה למטרה, לחזק את ארגון חמאס, לקראת בחירות עתידיות ברש"פ. זאת באמצעות תמיכה וחיזוק "אלכתלה אלאסלאמיה", תא הסטודנטים של חמאס באוניברסיטאות, על ידי מתן כספים רבים וארגון פעילויות שונות במסגרתו, וכן באמצעות העברת קצבאות סיוע לאסירי חמאס ולמשפחותיהם.
עוד עלה בחקירה, כי חברי המפקדה עמדו בקשר עם הנהגת חמאס בחו"ל, וזאת לטובת חילופי מידע והכנסת כספים לאזור. לשם מימוש קשר זה נקטו חברי המפקדה באמצעי זהירות רבים על מנת להסוות את זהותם בהתקשרויות, וכן להסתיר את פעילותם. אמצעים אלו כללו שימוש בשליחים, בכינויים, בתיבות דואר אלקטרוני, בכרטיסי זיכרון ניידים וכן במפגשים חשאיים בין החברים.
במטרה לחזק את אחיזת המפקדה בשטח, שוקמו תאי הסטודנטים של חמאס באוניברסיטאות בגזרת רמאללה ובאבו דיס. ניסיונות של חברי המפקדה לשיקום המפקדה גם באזור חברון ובית לחם סוכלו, בעקבות מעצרם של חברי המפקדה.
לציין, כי החקירה הובילה אף למעצרם של שניים, אשר בין היתר, הודו במעורבות בלינץ', שאירע ב-12 אוקטובר 2000, בתחנת המשטרה הפלסטינית ברמאללה, במהלכו נרצחו באכזריות שני חיילי מילואים של צה"ל, שתעו בדרכם והגיעו לפאתי העיר רמאללה.
כתבי אישום הוגשו לבית המשפט הצבאי ביהודה, ומייחסים למעורבים עברות שונות, הכוללות חברות ופעילות בהתאחדות בלתי מותרת, נשיאת משרה בהתאחדות בלתי מותרת, ביצוע שירות עבור התאחדות בלתי מותרת, מגע עם אויב והכנסת כספי אויב לאזור. בית המשפט הורה על מעצרם עד תום ההליכים המשפטיים בעניינם.
הפרשיה חשפה, פעם נוספת, את המאמצים הרבים של הנהגות חמאס, בשטח ובחו"ל, לחזק את אחיזת הארגון בשטח, ובכך לשדרג את פעילותו.
